初步估计，第二次全国污染源普查大约需要60万名左右普查员。一是来源于网格员。现在全国已经有很多环保网格员或环保管理员，他们对自己负责区域里的污染源状况比较清楚，有利于摸清各个网格（即普查小区）的污染源状况。此外，由于网格员队伍相对稳定，这也能够为今后普查数据的更新提供直接支持。普查采集软件留有接口，当网格员发现新的污染源后，可以通过一定程序将其增补入名录库，这样就能实现名录库的动态更新。二是来源于在校大中专生。这次污染源普查要采用先进的手持移动终端，即PDA，大中专生群体更善于使用这些工具。

据统计，现在在校的大中专生约有3700万，如果有1%的参与进来，就有37万人，再加上网格员，基本上就能满足60万普查员的人数要求。

就像人口普查关键是查清楚那些非户籍人口一样，污染源普查最重要的也是搞清楚那些“散乱污”企业，这些企业在工商、税务部门往往没有登记，而且由于污染排放未经治理，其排污量是正规企业的十几倍甚至几十倍。

这次污染源普查汇集了各个部门的数据，首先要对这些数据进行清洗比对，筛选掉那些不排污的行业，如律师事务所、会计师事务所等。下一步是通过清查进行摸排，由各市县进行。一是去粗存真，就是把清查名单中那些已经关门、不生产的企业剔除掉，留下2017年还在生产的；二是查漏补缺，就是把不在名单中的“散乱污”企业补充进来，这也是为什么希望那些网格员参加普查的原因，因为他们对所属小区的情况最清楚。